Zu den wichtigsten Aufgaben des Stadtarchivs Marktoberdorf zählt, das historische Erbe der Stadt Marktoberdorf zu bewahren, in der Gegenwart zu vermitteln und in die Zukunft weiterzugeben. Hierfür verwahrt, ordnet, verzeichnet und erhält das Stadtarchiv Marktoberdorf systematisch rechtlich und historisch bedeutende Unterlagen und macht diese allgemein zugänglich.
Neben der amtlichen Überlieferung sammelt das Stadtarchiv Marktoberdorf auch Unterlagen, die nicht in der Stadtverwaltung entstanden sind, sondern etwa bei den Marktoberdorfer Vereinen oder Firmen. Es übernimmt schriftliche Nachlässe bedeutender Persönlichkeiten des hiesigen öffentlichen Lebens und ergänzt seine Sammlung durch lokalgeschichtliche Dokumentationen.
Somit erstrecken sich die Bestände des Stadtarchivs Marktoberdorf über einen Zeitraum von sechs Jahrhunderten: Von der ersten Urkunde aus dem Jahr 1444 bis zum heutigen Lokalteil der Tageszeitung.